Android SDK Build-toolsの番号を確認する

$ android list sdk -a
...
Packages available for installation or update: 160
   1- Android SDK Tools, revision 24.4.1
   2- Android SDK Tools, revision 25.0.4 rc5
   3- Android SDK Platform-tools, revision 23.1
   4- Android SDK Build-tools, revision 23.0.2  ← これ
   5- Android SDK Build-tools, revision 23.0.1
...

Android SDK Build-toolsをインストールする

$ android update sdk -a -u -t 4

zipalignがインストールされたことを確認する

$ find . -name "zipalign"
./android-sdk-linux/build-tools/23.0.2/zipalign

sym linkを貼る

$ ln -sf /home/hoge/android-sdk-linux/build-tools/23.0.2/zipalign /usr/bin/zipalign

参考

Android SDKのコマンドラインオプション (android update sdk)
How to install Android SDK Build Tools on the command line?

android sdkの`zipalign`をインストールする方法

参考