元素種Oを含むPOSCARファイルのパスのみ抽出（ログ）

目的

多原子イオンを含まない酸化物において，酸素のみではどういう構造になっているのかを確かめる．

目標

元素種O（酸素）を含むPOSCARファイルのパスのみを抽出する．

参考

過去ログ^[1]を参考に行った．
[1] 元素種C，Oを含むPOSCARファイルのパスのみ抽出（ログ）- Qiita

スクリプトの説明

• get_O_existed_poscar_path_list.py^[1]
  • 入力：poscar_existed_file_path_list.npy
  • 出力：O_existed_poscar_file_path_list.npy，O_existed_poscar_folder_path_list.npy

[1] https://github.com/k-morii-toridai/scripts_get_O_existed_poscar_path_list.git

スクリプト実行の流れ

シェルスクリプトを実行する．：

• get_O_existed_poscar_path_list.sh

このシェルスクリプトは，以下の順にスクリプトを実行している．

1. get_poscar_existed_path_list.py^[1]
2. get_O_existed_poscar_path_list.py^[1]

詳細ログ

pwd

/mnt/ssd_elecom_black_c2c_480G/scripts

sudo git clone https://github.com/k-morii-toridai/scripts_get_O_existed_poscar_path_list.git

Cloning into 'scripts_get_O_existed_poscar_path_list'...
remote: Enumerating objects: 6, done.
remote: Counting objects: 100% (6/6), done.
remote: Compressing objects: 100% (5/5), done.
remote: Total 6 (delta 1), reused 6 (delta 1), pack-reused 0
Receiving objects: 100% (6/6), done.
Resolving deltas: 100% (1/1), done.

cd scripts_get_O_existed_poscar_path_list/
ls -CF

get_O_existed_poscar_path_list.py* get_O_existed_poscar_path_list.sh* get_poscar_existed_path_list.py*

time sudo ./get_O_existed_poscar_path_list.sh

Now getting poscar folder sub path list!!!
100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 507142/507142 [07:57<00:00, 1063.08it/s]
len(poscar_existed_file_path_list): 308325
Both poscar_existed_file_path_list and poscar_existed_folder_path_list were saved as .npy
len(poscar_abs_path_list_loaded): 308325
100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 308325/308325 [12:30<00:00, 410.58it/s]
len(O_existed_poscar_file_path_list): 222650
O_existed-poscar file, and folder path list were saved as .npy!!!

real 21m45.402s
user 0m0.250s
sys 0m0.673s

これより，POSCARファイル308325件の内，元素種Oを含むものは，222650件であることが分かった．

ls -CF

O_existed_poscar_file_path_list.npy* get_O_existed_poscar_path_list.py* get_poscar_existed_path_list.py* poscar_existed_folder_path_list.npy*
O_existed_poscar_folder_path_list.npy* get_O_existed_poscar_path_list.sh* poscar_existed_file_path_list.npy*