Introduction
R markdownでWordファイル（.docx）を作成したい場合、上記のR markdownクックブックに従ってテンプレートファイル（.dotxファイル）を作成して希望の形式に合わせて修正する、というのが基本的な手法です。でも何故か、R markdownから出力した.docxファイルに修正したフォーマットが一部（タイトルや日付の中央寄せなど）正しく反映されず、試行錯誤の結果解決したので方法を共有します。
Conclusion
やり方は簡単です。
Wordを英語環境に変更して立ち上げなおし、英語環境のWordでテンプレートファイル（.dotxファイル）を保存しなおして読み取り専用に変更するだけです。そのあとはWordを日本語環境に戻しても大丈夫です。
実際の手順
日本語環境のWordで.dotxファイルを保存すると、スタイル名の一部（おそらくデフォルト的なスタイル）が日本語になっています。
これが正しく機能しない理由と思いました（小並感）。なので、英語環境に変更して保存しなおしてみます。
「ファイル」メニューから
「オプション」を選んで
「言語」を選んで
「英語」を選択した状態で「上に移動」を押して「OK」
生意気にも命令しやがるので服従します。（Officeを閉じます）
Officeを立ち上げ直して
.dotxファイルを開くと、この通りスタイル名も英語です。
この状態で保存し、ファイルを右クリックしてプロパティを選択し、
読み取り専用にチェックを入れて
再度knitすれば、.dotxファイルの形式が反映されています。
（読み取り専用にするのはこの後間違えて日本語環境で開いて自動保存されないようにするためです。）