素人が自分のノートとして書いてますが、改善点あれば是非コメントください

SSM エージェントをインストールしてるにも関わらず、SSM のフリートマネージャにマネージドインスタンスとして出てこなかった。

EC2 にインストールされた SSM エージェントは、SSM のエンドポイントに TCP/443 でアクセスする必要がある。デフォルトでそのエンドポイントはパブリックなアドレスである。

SSM エージェントがインストールされた EC2 がインターネットへの接続するルートが無く、デフォルトでパブリックにある SSM のエンドポイントと通信できていなかった。

###解決方法
1．NATGWを導入するなどして、SSM のエンドポイントに通信できるようにする。
2．VPCエンドポイントを設定し、SSM のエンドポイントにプライベートアクセス出来る様にする。
https://aws.amazon.com/jp/premiumsupport/knowledge-center/ec2-systems-manager-vpc-endpoints/

Tips. 経路が出来てから SSM フリートマネージャで表示されるまでインスタンスによって時間差がありました。自分の環境下では最大30分ほどの時間差があったかと思いますので焦らず待ちましょう。