追記: 25日に治ったみたいです。対応早いですね！
※PHP Pluginを更新しましょう
IntelliJ IDEAを2016.3にアップグレードしたら、PHPの標準の関数やクラス、定数の補完や定義ジャンプができなくなった話。
この問題は公式のバグトラッカーに既に登録されていて、
これによれば、.idea/プロジェクト名.imlのmodule.typeをJAVA_MODULEからWEB_MODULEに書き換えれば治るそう。
実際に書き換えた後PJを再起動したら無事に補完や定義ジャンプが動くようになった。尚、PhpStormでも同様の問題が起きているかは不明。