pdfデータの一部を切り抜いて使いまわしたいというとき、手っ取り早くこれまで作成したpdfファイルから切り抜く場合にpdfcropで処理する方法です。

inkscapeの場合

inkscapeにpdfをインポートしてクリップやドキュメントの範囲指定でクリップすることが可能です。

しかし、なぜかこの方法がうまくいかないケースがあります。
この場合、右側のラスタ画像が消えています。
（左はベクタ画像）

pdfcropを使う

pdfcropは自動的に余白を切り抜いてくれるコマンドラインのアプリケーションですが、オプションでクロップ範囲を手動で設定することができます。

pdfcropの--marginsオプションで余白を指定します。
--marginの引数にマイナスを指定すると任意の範囲を切り抜くことができます。

上のように切り抜きたい場合には下記のように--marginsを指定します。
余白の指定は左、上、右、下の順になります。

pdfcrop --margins '-10 -370 -15 -103' input.pdf output.pdf

実際には試行錯誤で少しずつ数値を調整していくことになりますが、下のようなpdfファイルを切り出すことができました。