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JuliaでPyPlot使おうとしたらMKLがどうとかエラーした

Last updated at Posted at 2021-04-29

エラーの内容

JuliaでPyPlotを使おうと,using PyPlotってやるとカーネルが落ちる(Macで起動したJupyte lab上で)。

INTEL MKL ERROR: dlopen(/Users/travis/.julia/conda/3/lib/libmkl_intel_thread.dylib, 9): Library not loaded: @rpath/libiomp5.dylib

  Referenced from: /Users/travis/.julia/conda/3/lib/libmkl_intel_thread.dylib

  Reason: image not found.

Intel MKL FATAL ERROR: Cannot load libmkl_intel_thread.dylib.

エラーメッセージは上みたいな感じ。ネットから拾ってきたから,ホームの名前が若干が違うが,内容的には同じ。

現状の対応

これが正解かよくわからないが,とりあえず,以下の対応で直った気がする。

Juliaが使っているcondaでmklのバージョンを2019.4にする。

$ $HOME/.julia/conda/3/bin/conda install mkl==2019.4

mklのバージョンが2021になっていると,エラーが出ていた様子。少し古いバージョンに戻すとエラーがとりあえず,出なくなった。

とりあえずやったこと

Juliaの再インストール

homebrewから再度インストールが効果なし。

.juliaディレクトリを消して,PyPlotを入れ直す

ホームのなかにある.juliaディレクトリを削除してから,PyPlotのライブラリをadd。

PyPlotを最初にusing PyPlotするときにはエラーがでないが,REPLを一旦終わって,再度using PyPlotしようとするとエラーした。よくわからない。

Pyenvの環境を消して,再インストール。Python環境を作り直した。

Pythonの環境はシステム上で設定(Pyenvで設定)したPythonが使われていると思っていたので,入れ直してみた。Julia内で独自にCondaを使っているので,関係なかった。

JuliaのENV["PYTHON"]で設定するPATHがJuliaが独自につかうPythonのPATH設定だったことを学んだ。

.condaディレクトリを削除してから,PyPlotを入れ直す

これも関係ない。

LD_LIBRARY_PATHにJulia内で使うCondaのライブラリのPATHを追加

最初のエラーを検索すると,結構出てくる。Julia関係なしのPythonだけの話だといっぱい出てくる。
検索した中にこんな情報があった。
https://github.com/JuliaPy/Conda.jl/issues/182#issuecomment-813023645

ライブラリがないというなら,PATHを通す。

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/.julia/conda/3/lib

実際これをやってから,Juliaを起動するとエラーがでなくなった。

ただ,Jupyter labを起動して,using PyPlotってやるとエラーがでる。Jupyter labはターミナルのPATH設定を反映してくれるわけではないんだなということを学んだ。

で,ほぼ同じ環境でエラーが出ないMacBook Airの設定を見ていて,mklのバージョンが違うことを発見して,mklのバージョン変更して,今に至る。

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