ある日、macのデスクトップのファイルにアクセスしようとしたら全部ファイルが消えていて焦った。幸い、"command+shift+."で隠しフォルダを表示させてみると全部ファイルは見つかったので助かった。
但し、

ls

でファイルを見てみると、全て表示されており、

ls -a　#隠しフォルダも表示する。macでは隠しフォルダは.から始まる名前になっている

でなくても表示された。

このままでも問題ないと言えば問題ないが、見栄えが悪いので戻すやり方についてメモっておく。

chflags nohidden 'file path '　　　　　　　　　#fileの可視化

これをすれば治った。但し、隠しておきたいファイルがある場合は以下のコマンドで戻せば良い

chflags hidden 'file path'       #fileの非可視化

追記：
ただのバグだったようです、、、別の日に開いたら治ってました。