build.gradle が IDE から読み込まれていることは idea.active プロパティで判定できます。
IDE がプロジェクトを読み込んだり Gradle Tasks リストを読み出すときには idea.active = "true" がセットされています。
build.gradle.kts
val ideaActive = (System.getProperty("idea.active") == "true")
if (ideaActive) {
// IDE から読み込まれているときだけ実行したい処理
}
公式のドキュメントは見当たりませんでしたが、Gradle Plugin 作成時のテクニックなどで使われているようです。