Grafanaのダッシュボードで自動更新しているとサーバのIO負荷が高くなった時勝手にログアウトしてしまう→使用するDBをSQLite3から変更して解決

環境

• ホスト: Raspberry Pi 4 (4GB)

GrafanaはDockerHubに公開されているイメージを使用して動かしています。 (以下のdocker-compose.yml参照)

docker-compose.yml(抜粋)

version: "2"
services:
  prometheus:
    # 省略
  grafana:
    image: grafana/grafana-arm64v8-linux
    links:
      - prometheus
    volumes:
      - grafana-data:/var/lib/grafana
volumes:
  grafana-data:

現象

例えばRaspberryPiのカーネルのtar.gz¹を展開しているときの状態をiostatで確認すると、%iowaitの値が50近い値になります。これ自体はRaspberryPiのSDカード読み書き性能はそこまで高くないので、しょうがないことだと思います²。

ただ、その負荷が高くなったタイミングでGrafanaのダッシュボードの自動更新が走ると、以下のような現象が発生しました。

• Grafana上にUnauthorizedのメッセージが表示される
• Unauthorizedのメッセージが表示された後、勝手にログアウトされたり、Server Errorの画面が表示される
• docker-compose logs grafanaに以下のようなログが記録される

表示されるエラー

grafana_1            | t=2020-09-06T04:34:56+0000 lvl=eror msg="Failed to look up user based on cookie" logger=context error="database is locked"

分析

ログに記載されている通り、データベースがロックされていてユーザの情報が取得できず、ログアウトしてしまっているようです。

DockerHubに公開されているGrafanaは、何も設定しなければSQLite3をデータベースに使用するようになっています。SQLite3のロックはデータベース単位でしかかけられないため、IO負荷が高いときロックからロック解除までの時間がかかり、その間にユーザ情報の読み取りが発生したために上記エラーが発生したと考えました。

対処

ロックが問題であれば、PostgreSQLなど他のRDBMSであれば行レベルでのロックに対応しているため、ロックにより行のデータが取得できない可能性は減るだろうと言うことで、PostgreSQLを使用するようにGrafanaを設定することにしました。

GrafanaのDockerイメージはGF_で始まる環境変数を設定すると、grafana.iniの設定をオーバーライドできます。そのため、docker-compose.ymlを以下のように設定してPostgreSQLを使用するように設定しました。

docker-compose.yml(抜粋)

services:
  grafana:
    image: grafana/grafana-arm64v8-linux
    ports:
      - 3111:3000
    links:
      - prometheus
      - postgres
    environment:
      - GF_DATABASE_TYPE=postgres
      - GF_DATABASE_HOST=postgres
      - GF_DATABASE_NAME=grafana
      - GF_DATABASE_USER=grafana_user
      - GF_DATABASE_PASSWORD=aoZ62dMb
  postgres:
    image: postgres:12.4
    environment:
      - POSTGRES_USER=grafana_user
      - POSTGRES_PASSWORD=aoZ62dMb
      - POSTGRES_DB=grafana

この設定でgrafana.iniに以下の設定を行ったことになります。

[database]
type=postgres
host=postgres
name=grafana
user=grafana_user
password=aoZ62dMb

以上の設定で、これまで勝手にログアウトされていた時と同じ状況を再現しても、勝手にログアウトされることがなくなりました。

ただ、先述の通りRaspberryPiのSDカードの読み書き性能は高くないので、もしかするとこれでもシステムの負荷によってはログアウトしてしまうかもしれないです。とはいえ、その確率は大幅に減ると思っています。

参考ページ

• https://grafana.com/docs/grafana/latest/installation/configure-docker/
• https://grafana.com/docs/grafana/latest/administration/configuration/

1. raspberrypi/linuxで配布されているものです ↩

2. ioniceでも対処できるかもしれないですが、使っているIOスケジューラがbfqなので使えないのと、今回はSQLiteのロック範囲が広すぎることが原因みたいだったのでioniceは使いません ↩