Ubuntu12.04を使っていてそういうことがありました。
現象
タイムアウトしない設定をしているわけでもないのに、Ubuntuの起動時のGRUBメニューでカウントダウンしないし、いくら放置しても先に進まない。
原因
調べてみたところ、前回のシャットダウン時にエラーが発生したのでGRUBで記録されており、その際はGRUBの設定に関わらずGRUBメニューはタイムアウトなしでGRUBのメニュー画面が表示される模様。
どう対処するか
このとき、以下のコマンドを実行することでGRUBの設定を見ることができる
$ grub-editenv list
このコマンドに対して、以下の設定がリストされる場合、次回起動時はカウントダウンなしGRUBメニューを表示する
recordfail=1
対処としては、recordfail=1が記録される理由を特定し、対策を打った上で以下のコマンドを実行してrecordfailの値を元に戻す。
$ sudo grub-editenv - set recordfail=0
原因がよくわかんないけどとにかくrecordfailを設定させたくない場合はrecordfailの項目自体を消す。
$ sudo grub-editenv - unset recordfail