結論(2019/10/29)

https://docs.unity3d.com/Manual/upm-network.html に従って起動用バッチファイルを用意する．
プロキシを使用しないアドレスのリストに 127.0.0.1 を指定する．

手順

サーバのアドレス(FQDN)を your_proxy_server，ポートを 8080 として説明する．

プロキシの設定

手動プロキシセットアップでプロキシが適切に設定されているかチェックする．Unity Package Manager の動作のためには，プロキシを使用しないアドレスのリストに 127.0.0.1 を指定する必要がある．以下は認証を必要としないプロキシの場合の設定例である．

プロキシサーバーを使う: オン
アドレス: your_proxy_server
ポート: 8080
次のエントリで始まるアドレス以外に...: localhost;127.0.0.1
ローカル(イントラネット)のアドレスにはプロキシサーバーを使わない: チェック

Unity Hubのインストール

https://unity3d.com/jp/get-unity/download から「Unity Hub をダウンロード」をクリックし，UnityHubSetup.exe をダウンロードして実行する．

起動用バッチファイルの作成

以下の内容のバッチファイルを作成し，例えばデスクトップに unity-hub-proxy.bat などのファイル名で置く．

unity-hub-proxy.bat

@echo off
set HTTP_PROXY=http://your_proxy_server:8080
set HTTPS_PROXY=http://your_proxy_server:8080
start "" "C:\Program Files\Unity Hub\Unity Hub.exe"

このバッチファイルで Unity Hub を起動すると，新規インストール，モジュールの追加，サインインなどが行える．また Unity Hub から起動した Unity Editor では，Asset Store からのダウンロードが可能になる．

Windows Defender ファイアウォールのブロック解除

Unity Hub や Unity Editor の初回起動時にWindows Defender の警告が出る可能性がある．
プライベートネットワークにチェックを入れてアクセスを許可する．