コピー元ファイルを file1 、コピー先ファイルを file2 とした時、
chmod --reference file1 file2
とします。
2つののディレクトリ配下のすべてのファイルのパーミッションを合わせたい場合は、以下のようにします。
コピー元のディレクトリを dir1 、コピー先のディレクトリを dir2 として、dir1 に移動した状態で、以下を実行します。
find . -type f | xargs -I {} chmod --reference {} ../dir2/{}