フラグメントシェーダでエラーが出る

シェーダの言語仕様の違いか、下記のエラーが発生します。

error: use of undeclared identifier 'gl_FragCoord'

回避策は、後述の「OpenGL を使ってレンダリングを行う」しか無さそうです。

なお、関数の外に定数を定義すると、下記のエラーが発生します。

error: global variables must have a constant address space qualifier

こちらは、関数内に定数定義を移せば発生しなくなります。

フラグメントシェーダの Uniform 変数 u_sprite_size が使えない

u_sprite_size が常に (0, 0) で来るため、使い物になりません。。。

対策としては、下記のように自力でスプライトのサイズを計算し、Uniform 変数として渡します。

let spriteSize = node.calculateAccumulatedFrame()
let uniformSpriteSize = SKUniform(name: "sprite_size", floatVector2: GLKVector2Make(Float(spriteSize.width), Float(spriteSize.height))

参考: http://stackoverflow.com/questions/31492404/spritekit-shader-crash-ios-9-skdefaultshading-gl-fragcoord

SKEffectNode で CIGaussianBlur を使うと、スプライトの位置がずれることがある

SKEffectNode で CIGaussianBlur を使うと、inputRadius の値によって子ノードのスプライトの位置がずれることがあります。

こちらも後述の「OpenGL を使ってレンダリングを行う」で回避するか、CIBoxBlur など他のブラーで代用するしかなさそうです。

Tips: iOS9/SpriteKit で OpenGL を使ってレンダリングを行う

リファレンスを読むと、SceneKit には OpenGL/Metal どちらでレンダリングを行うかを指定できるのですが、SpriteKit には見当たりません。
別の方法として、Info.plist に以下の設定を行うことで、OpenGL によるレンダリングに変更することができます。

PrefersOpenGL: YES

参考: https://developer.apple.com/library/ios/qa/qa1904/_index.html