NVIDIA DGX Sparkを医用画像処理マシンにしよう！

東京慈恵会医科大学　人工知能医学研究部　中田典生

動画編集

Kdenlive

Kdenlive - Free and Open Source Video Editor

インストール方法

APT（公式リポジトリ）を利用する

Ubuntuの標準的なパッケージ管理ツールであるAPTでもインストールできます。ただし、リポジトリにあるバージョンは最新ではないことがあります。

bash

sudo apt update sudo apt install kdenlive

使い方

【動画編集】kdenliveの使い方【初心者向け】 - 白昼夢

2D画像編集

GIMP

GIMP - GNU Image Manipulation Program

インストール方法

1. ターミナルを開きます。

2. 以下のコマンドを実行してパッケージリストを更新します。

   bash

   sudo apt update

3. 以下のコマンドを実行してGIMPをインストールします。

   bash

   sudo apt install gimp

4. インストールが完了したら、アプリケーションメニューからGIMPを起動するか、ターミナルで gimp と入力して実行します。

使い方

GIMPの使い方【初心者ナビ】画像編集の基本から応用まで

多機能な画像ビューア

• nomacs: 高速で多機能な画像ビューアです。
  • nomacs | Image Lounge
  • 特徴:
    • メタデータ表示、色調整、画像の比較など、豊富な機能があります。
    • 複数のプラットフォームで利用できます。
  • インストール: sudo apt install nomacs
• Geeqie: 軽量ながら多機能な画像管理・ビューアツールです。
  • Geeqie, lightweight image viewer
  • 特徴:
    • カメラのRAW画像表示やメタデータ編集などの機能が充実しています。
    • フォルダ階層を効率的に管理できます。
  • インストール: sudo apt install geeqie

DICOMビューワ

Weasis

Weasis: Free DICOM viewer :: Weasis Documentation

インストール方法：Snapでインストールする

端末を開き、以下のコマンドを実行します。

sh

sudo snap install weasis

使い方

Tutorials :: Weasis Documentation

生物学研究用画像処理ソフトウェア

ImageJ

インストール方法 (linux arm64 へのインストール方法）

Linux ARM64環境にImageJをインストールするには、
多くのプラグインを含んだ統合パッケージであるFijiをダウンロードする
のが最も簡単で推奨される方法です。

Linux arm64環境にImageJをインストールするには、Java Development Kit (JDK) が必要です。ImageJをより多くのプラグインとともに利用できる、Fiji (Fiji is Just ImageJ)の利用をおすすめします。

インストール手順（Linux arm64向け）

１．OpenJDKのインストール

多くの最新Linuxディストリビューションでは、パッケージマネージャーを使ってOpenJDKをインストールできます。

• Ubuntu/Debianの場合:

  sh
  sudo apt update
sudo apt install openjdk-21-jdk

上記をインストール
２．Fijiのダウンロードと実行

• Fijiのダウンロードページにアクセスします。
  Fiji Downloads ページ
  https://imagej.net/software/fiji/downloads

-「Download for Linux | arm64」のリンクをクリックして、最新版のFijiをダウンロードします。

• ファイルを展開します。
  sh
  # ダウンロードしたディレクトリに移動
cd ~/Downloads
# 圧縮ファイルを解凍
unzip fiji-＊.zip
  コードは注意してご使用ください。

• Fijiを起動します。
  sh
  # 解凍したディレクトリに移動
cd Fiji.app
# Fijiを起動
./fiji-linux-arm64
  コードは注意してご使用ください。

• トラブルシューティング：ImageJが起動しない場合
  Fijiの起動に問題がある場合、Javaランタイムがインストールされていない、または正しく設定されていない可能性があります。ImageJはJavaで動作するため、適切なJava Development Kit (JDK) が必要です。

ImageJの使い方
研究室での画像処理:ImageJの使い方・基礎編
Image J の操作方法
【画像処理】ImageJの使い方【ImageJ】 - LabCode

医用画像処理ソフトウェア Amide（アミド）

強力なクロスプラットフォームの GTK+ ツールであるこの Linux 用医療画像ソフトウェアにより、医療専門家は複雑な医療文書を簡単に表示、登録、分析できます。通常、便利な機能の長いリストを備えた直感的な GUI により、最高の Linux DICOM ビューアーの 1 つとして称賛されています。これらの機能には、複数のデータセットをロードする機能、異方性フィルタリング、データセットを個別にしきい値処理する機能が含まれます。

• ユーザーがさまざまな重要なタスクを非常に効率的に実行できる便利な GUI インターフェース。
• 強力な異方性フィルタリング ウィザードは、ガウス、1D メディアン、および 3D メディアン フィルタを使用できます。
• ユーザーは、Amide を使用してデータセットの領域を簡単に切り取ったり消去したり、研究を XML ファイルとしてエクスポートしたりできます。
• この医用画像ソフトウェアを使用すると、ユーザーは画像に直接 3D ROI を描画できます。
  

インストール手順

1. Update the package index:

   ＄ sudo apt-get update
   

2. Install amide deb package:

   ＄ sudo apt-get install amide
   

アプリを表示からamideでスタート

使用法

The AMIDE User's Manual V0.3.1

3DCG制作ソフトウェア

3D医用画像再構築ソフトウェア　InVesalius（インヴェサリウス）

Invesalius は、人体部位の画像を再構成するために使用される Linux 用の無料でありながら魅力的な医用画像処理ソフトウェアです。さまざまな医療機器から取得した一連の 2D DICOM ファイルから 3D 医用画像を生成できます。ユーザーは、この治療ツールに DICOM ファイルをすばやくインポートして、徹底的に分析できます。これらのファイルは、処理後に STL、OBJ、PLY などのさまざまな形式にエクスポートできます。

Flathubを使用するインストール手順（Linux arm64向け）

• Flathubリポジトリの登録
  既存のFlathub設定を一度削除し、正しいURLで再登録するのが最も手っ取り早い解決策です。ターミナルで以下のコマンドを順に実行してください。
  Bash
  # 1. 既存のflathub設定を削除
sudo flatpak remote-delete flathub
# 2. flathubを再度追加（公式URLを指定）
sudo flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://dl.flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo
• インストールの実行
  上記が完了したら、本来実行したかったInVesalius（医用画像処理ソフト）のインストールを試してください。
  Bash
  flatpak install flathub br.gov.cti.invesalius
• Invesaliusを起動する
  sh
  flatpak run br.gov.cti.invesalius

Invesaliusの使い方

InVesaliusで膝のMRI画像から骨の3Dモデルを作ってみる実験
User Manual — InVesalius3 2023-07-03 documentation
スキャンしたCT画像（DICOM）から骨の模型を3Dプリントしてみた。 | キャド研

Blender

Download — Blender

インストール方法

Blender Foundationは、aarch64/ARM64向けの標準ビルドを提供していません。blender.orgではx64_48アーキテクチャ向けのビルドのみが利用可能です。標準ビルドの代わりに、OSのパッケージマネージャーから提供されるビルドを使用する必要があります。

Ubuntu/Debiansudo apt update && sudo apt upgrade

sudo apt install blender

インストール後、「blender -v」を実行して確認するか、Blenderを起動して確認してください

使い方

Blenderの使い方｜基本操作と画面の見方を覚えよう！｜サルブレ

顕微鏡画像処理ソフトウェア Gwyddion (グウィディオン)

Gwyddion は、プローブ顕微鏡データの分析と視覚化を簡単にする Linux 用の使いやすく便利な医療画像処理ソフトウェアです。 AFM、MFM、STM、SNOM/NSOM など、多数の顕微鏡データ取得技術をサポートしています。さらに、そのオープンソース ライセンスにより、専門家の要求に応じてソフトウェアを非常に簡単にカスタマイズできます。

インストール方法

$ sudo apt-get install gwyddion

アプリを表示からGwyddionを実行

使用法
Gwyddionによる解析方法
第4回　プローブ顕微鏡用解析ソフトGwyddionを使いませんか – 静岡大学浜松共同利用機器センター on WWP
Gwyddion user guide
Gwyddionの使い方 (AFM、TEM、STM、SEM解析用ソフト) | @tetsuji16のブログ