スロークエリログは、ロック待ちの秒数はカウントしていない。

ということなので、
ロック待ちが多くてもスロークエリには上がってこないので、
プログラム側の処理が遅い原因がロックだった場合、
｢スロークエリ出てないしなー。｣と思っても判断できないから注意。

ロックが発生しているかしていないかは別途監視が必要。

一応、コマンドだと

mysql

SHOW OPEN TABLES;

とか使って

In_useの値を見るとよい。

N-1の数がロック待ち。(で、よいのかな。)

引用:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/slow-query-log.html

引用:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1-olh/ja/show-open-tables.html