Githubをssh接続に変更したらハマってしまったので、簡単に手順とハマったポイントを残しておきます。
##1 公開鍵・秘密鍵の作成
sshディレクトリでssh-keygenを使って公開鍵と秘密鍵を作る

cd ~/.ssh
ssh-keygen -t rsa -f id_rsa

注意 デフォルトでid_rsaを見に行くのでそれ以外の名前にすると認証に失敗する(ここですごいハマった)

##2 公開鍵をGithubにアップロードする
Githubの左上のプロフィールからSettings-> SSH and GPG keys->New SSH keyで設定

##3 configにホストを設定
configファイルにホストの設定を記述

vim ~/.ssh/config

記述内容

Host github
     HostName github.com
     IdentityFile ~/.ssh/github
     User git

##4 sshで接続テスト
以下のsshコマンドでテスト　

ssh -T github

**You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.**と返って来たらOK

##5 gitの接続方法の変更
変更したいリポジトリに移動して以下のコマンドで確認

git remote -v

ここでfetchとpushがそれぞれhttpsによる接続方法になっていたら以下のコマンドで設定

git remote set-url origin SSH_URL