ReplaceMono.cs

using UnityEngine;
using UnityEditor;

public class ReplaceMono : MonoBehaviour
{
    public Transform LookRoot;
    public GameObject NewObj;
    public string matchName;
}

#if UNITY_EDITOR
[CustomEditor(typeof(ReplaceMono))]
// 継承クラスは Editor を設定する
public class ReplaceObjectEditor : Editor
{
    // parent直下の子オブジェクトをforループで取得する
    private static Transform[] GetChildren(Transform parent)
    {
        var ctransforms = parent.GetComponentsInChildren<Transform>();
        return ctransforms;
    }

    // GUIの表示関数をオーバーライドする
    public override void OnInspectorGUI()
    {
        // 元のインスペクター部分を表示
        base.OnInspectorGUI();

        // targetを変換して対象スクリプトの参照を取得する
        ReplaceMono tg = target as ReplaceMono;

        // public関数を実行するボタンの作成
        if (GUILayout.Button("Replace Object"))
        {
            Transform rootGOs = tg.LookRoot;
            var rootG = GetChildren(rootGOs);
            foreach (var n in rootG)
            {
                if (n.name.IndexOf(tg.matchName) != -1)
                {
                    var parent = n.parent;
                    var pos = n.position;
                    var name = n.name;

                    var newObj = UnityEditor.PrefabUtility.InstantiatePrefab(tg.NewObj, parent) as GameObject;
                    newObj.transform.position = pos;
                    newObj.name = name;

                    GameObject.DestroyImmediate(n.gameObject);
                }
            }
        }
    }
}
#endif

使用方法：
１.「ReplaceMono.cs」を適当にどこかのゲームオブジェクトにアタッチします。
２.インスペクタでチェックしたいゲームジェクトを設置し、「Replace Object」ボタンを押下します。
３.下記の画像は参考になります。（シーン内のCubeを別のスクリプトアタッチしたCubeで置き換えます）

元シーン、普通のCubeを三つで置く：

置き換えしたいCubeのプレハブ作成：

結果：