0
0

Delete article

Deleted articles cannot be recovered.

Draft of this article would be also deleted.

Are you sure you want to delete this article?

More than 1 year has passed since last update.

初心者🔰がDeepLabCutを入れてみた。

Last updated at Posted at 2022-11-25

はじめに

「え?そこから説明いる?」と思われるほどの本気の初心者です。
MacOS 12.2.1を使ってます。

DeepLabCutをインストール...しようと思ったら

前回Anacondaをインストールしたので、目的のDeepLabCutをインストールしてみようと、ターミナルでLet's git clone!と思ったら、エラー。

xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun

MacOSをアップデートすると出てくるエラーのようで、Appleの公式開発ツールxcodeが入ってないことによるもののよう。(確かに以前MacOSをアップデートした...)ということで、xcodeをインストール。

% xcode-select --install

数分で無事、"command line developer tools"がインストールされました。

気を取り直して、DeepLabCutをインストール

参考というか本家のinstallation guideに従って、ターミナルでLet's git clone!

% git clone https://github.com/DeepLabCut/DeepLabCut.git

ちなみに、どこにインストールするのが正解かよく分からず、ディレクトリ指定をせずデフォルトの場所(/Users/username(個人の固有user名)/)にインストールしました。こちらも数分でインストール完了。

現在地(pwd)が/Users/username/なので、その直下にある以下のディレクトリにもぐる。
% cd DeepLabCut/conda-environments

%conda activateでAnacondaを起こしてから、
DeepLabCut用の仮想環境を構築。
%conda env create -f DEEPLABCUT.yaml

次回から、DeepLabCutを使いたい場合は、ターミナルで、
% conda activate DEEPLABCUT
蛇を眠らせたい場合には、
% conda deactivate
と唱えればok。

環境確認のためのtips

ベースの環境とこれまで作成したcondaの環境の一覧を知りたい時は、
% conda info -e
と入力すると、

# conda environments:
#
base                     /Users/username/opt/anaconda3
DEEPLABCUT            *  /Users/username/opt/anaconda3/envs/DEEPLABCUT

ということで、ベース環境(上側)と今回構築したDeepLabCut環境(下側)が出来ていることが確認できる。現在いる環境にはアスタリスク(*)がついている。
また、base環境にいる場合は、ターミナルの左端に(base)、DeepLabCut環境にいる場合は(DEEPLABCUT)という表記が出ています。

そんなわけで、仮想環境を使うと、yamlをシェアして同僚などと同じ環境を構築したり、いろんなversionのpythonやライブラリを入れた仮想環境を複数作って、どの環境で目的のブツが上手く動くのかを試したりできるらしい。便利。

また、pythonや各種ライブラリのversionを知りたい場合は、
pythonの場合 % python --version
Anacondaの場合 % Anaconda --version
DeepLabCutの場合は、謎...。などでひとまず% pip list とか% conda listのlistの中から拾ってみる。version指定せずに、git clone!したら最新version(2.2.3)が入っていた。(そらそうか)

DeepLabCutの2.2以降は、multi-animal対応とのことだけれど、当面はsingle animalのtraceを試すつもりなので、本当はもう少し古いversionでもokではある。けれど、backwards compatibilityがある&ほぼmonthlyのペースで改良しているらしいので、最新versionを入れてみた。

(続く)

0
0
0

Register as a new user and use Qiita more conveniently

  1. You get articles that match your needs
  2. You can efficiently read back useful information
  3. You can use dark theme
What you can do with signing up
0
0

Delete article

Deleted articles cannot be recovered.

Draft of this article would be also deleted.

Are you sure you want to delete this article?