初心者🔰がDeepLabCutを入れてみた。

はじめに

「え？そこから説明いる？」と思われるほどの本気の初心者です。
MacOS 12.2.1を使ってます。

DeepLabCutをインストール...しようと思ったら

前回Anacondaをインストールしたので、目的のDeepLabCutをインストールしてみようと、ターミナルでLet's git clone!と思ったら、エラー。

xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun

MacOSをアップデートすると出てくるエラーのようで、Appleの公式開発ツールxcodeが入ってないことによるもののよう。（確かに以前MacOSをアップデートした...）ということで、xcodeをインストール。

% xcode-select --install

数分で無事、"command line developer tools"がインストールされました。

気を取り直して、DeepLabCutをインストール

参考というか本家のinstallation guideに従って、ターミナルでLet's git clone!

% git clone https://github.com/DeepLabCut/DeepLabCut.git

ちなみに、どこにインストールするのが正解かよく分からず、ディレクトリ指定をせずデフォルトの場所（/Users/username(個人の固有user名)/）にインストールしました。こちらも数分でインストール完了。

現在地（pwd）が/Users/username/なので、その直下にある以下のディレクトリにもぐる。
% cd DeepLabCut/conda-environments

%conda activateでAnacondaを起こしてから、
DeepLabCut用の仮想環境を構築。
%conda env create -f DEEPLABCUT.yaml

次回から、DeepLabCutを使いたい場合は、ターミナルで、
% conda activate DEEPLABCUT
蛇を眠らせたい場合には、
% conda deactivate
と唱えればok。

環境確認のためのtips

ベースの環境とこれまで作成したcondaの環境の一覧を知りたい時は、
% conda info -e
と入力すると、

# conda environments:
#
base                     /Users/username/opt/anaconda3
DEEPLABCUT            *  /Users/username/opt/anaconda3/envs/DEEPLABCUT

ということで、ベース環境（上側）と今回構築したDeepLabCut環境（下側）が出来ていることが確認できる。現在いる環境にはアスタリスク（*)がついている。
また、base環境にいる場合は、ターミナルの左端に（base）、DeepLabCut環境にいる場合は(DEEPLABCUT)という表記が出ています。

そんなわけで、仮想環境を使うと、yamlをシェアして同僚などと同じ環境を構築したり、いろんなversionのpythonやライブラリを入れた仮想環境を複数作って、どの環境で目的のブツが上手く動くのかを試したりできるらしい。便利。

また、pythonや各種ライブラリのversionを知りたい場合は、
pythonの場合 % python --version
Anacondaの場合 % Anaconda --version
DeepLabCutの場合は、謎...。などでひとまず% pip list とか% conda listのlistの中から拾ってみる。version指定せずに、git clone!したら最新version(2.2.3)が入っていた。（そらそうか）

DeepLabCutの2.2以降は、multi-animal対応とのことだけれど、当面はsingle animalのtraceを試すつもりなので、本当はもう少し古いversionでもokではある。けれど、backwards compatibilityがある＆ほぼmonthlyのペースで改良しているらしいので、最新versionを入れてみた。

（続く）