複数ファイルの置換ができるようにgrep-edit.elをいれます。

M-x install-elisp-from-emacswiki grep-edit.el

設定ファイルに下記を追加します。

~.emacs.d/init.el

;;; grep-edit.el
(require 'grep-edit)

M-x grepでテキストを検索します。検索結果の*grep*バッファを編集します。C-c C-eをすると、編集を該当ファイルに反映します。この状態ではまだ変更が保存されていないので、C-x sをすると変更されたファイルが保存されます。