dplyr でデータベースからデータを取得したいとします。
その時、最初にやることはテーブルオブジェクトの生成です。
R
db <- src_sqlite("my_db.sqlite3") # DB に接続
flights_tbl <- tbl(db, "flights") # テーブルオブジェクトの生成
実際の DB でやってみましょう。
まずはテスト用 DB を作ります。
R
library(dplyr)
library(nycflights13) # テスト用データベースに入れるデータ
db <- src_sqlite("my_db.sqlite3", create = TRUE)
copy_nycflights13(db) # テスト用の SQLite データベースファイルを生成
作成したテスト用 DB に接続してみます。
R
db <- src_sqlite("my_db.sqlite3")
show(db)
結果
src: sqlite 3.8.6 [my_db.sqlite3]
tbls: airlines, airports, flights, planes, sqlite_stat1, weather
この DB には 6個のテーブルが存在することがわかります。
これらのテーブルからデータを取得したい場合、それぞれのテーブルに対してテーブルオブジェクトを生成してやる必要があります。
R
airlines_tbl <- tbl(db, "airlines")
airports_tbl <- tbl(db, "airports")
flights_tbl <- tbl(db, "flights")
planes_tbl <- tbl(db, "planes")
weather_tbl <- tbl(db, "weather")
これって面倒くさいと思いませんか？
よく見るとかなり定型的なコードです。
これを自動でやってくれる関数を書いてみましょう。
R
# DB の全てのテーブルに対してテーブルオブジェクトを生成する
load_tbls <- function(db, envir = parent.frame(), verbose = TRUE) {
tbl_names <- dplyr::src_tbls(db)
tbl_obj_names <- sprintf('%s_tbl', tbl_names)
for(i in seq_along(tbl_obj_names)) {
tbl_name <- tbl_names[i]
tbl_obj_name <- tbl_obj_names[i]
assign(tbl_obj_name, dplyr::tbl(db, tbl_name), envir = envir)
if(verbose) cat(paste(sprintf("Creating %s ...\n", tbl_obj_name)))
}
invisible(NULL)
}
先ほど作ったテーブルオブジェクトを消しておきます。
R
rm(list = ls(pattern = "_tbl$"))
ls()
結果
[1] "db" "load_tbls"
load_tbls() を実行してテーブルオブジェクトを生成してみましょう。
R
db <- src_sqlite("my_db.sqlite3")
load_tbls(db)
ls()
結果
[1] "airlines_tbl" "airports_tbl" "db" "flights_tbl" "load_tbls" "planes_tbl" "sqlite_stat1_tbl" "weather_tbl"
テーブルオブジェクトが自動生成されました。
以上です。