発生状況
プロジェクトを右クリック→構成→JPAプロジェクトに変換 を実行後、
Entityアノテーションを付与していて、persistence.xmlにもリストしているエンティティに
Class "..." is listed in the persistence.xml file, but is not annotated
エラーが表示される。
ビルドは問題なく成功し、動作にも影響がない。
環境
・STSバージョン：4.22.0.RELEASE
・JPAバージョン：2.2
対処法
適切にアノテーションを付与しているのにエラーが消えない原因は謎（不具合？）。
動作的には問題ないので、
ウィンドウ→設定→JPA永続化→JPA→エラー/警告→永続化単位
から、
persistence.xmlファイルにリストされているが注釈されていないクラス
の重大度レベルを「無視」に設定。
補足
stackoverflowには同様の事例の報告がありましたが、日本語で出てくる情報が見当たらなかったので記載しました。
参照元：https://stackoverflow.com/questions/75597172/after-javax-persistence-jakarta-persistence-spring-boot-upgrade-error-clas
参照元の方ではJPA2.2→3.1に切り替えた際に起きたという報告がありますが、
自分の環境ではJPA2.2でも起きているのでよく分からないです。
根本的な解決にはなっていないので、何かご存じの方がいらっしゃいましたらご教示いただきたいです。