JetBrainsさんのエディタ(intelliJやWebStorm)にはとってもお世話になっているんですが、
機能と共にIndexingの頻度が上がって全体の動きの機敏さが下がってきました。
(プロジェクトのサイズが大きくなってくると時間も尚更かかりますね。。)
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Indexingの仕事としては構文/エラー強調表示、コード補完など、開発サポートのための索引付けをやってくれているそうです。
今回はこれの対策を。
Preferences -> Directoriesを選んで、索引付けしたくないディレクトリをExcludeします。
これだけです。
自分の場合はWebStorm(Javascriptに強いエディタ)を使っていますが、ライブラリを格納するnode_modulesディレクトリをExcludeしたら劇的にIndexingの頻度・時間が減りました。
様々なケースにおけるベストプラクティスを把握するまでには至っていませんが、やってみると生産性上がるかもくらいの感じで未だやったことの無い方は試してみると良いのではないでしょうか。