vagrant ssh で編集 せずに、 Vagrantfile へ設定を追加するのがおすすめです。だいたい使いまわすので。

  config.vm.provision :chef_solo do |chef|
    # ... 省略
    chef.json = {
      # ... 省略
      :php => {
        :packages => %w(php php-cli php-devel php-mbstring php-gd php-xml php-mysql),
        :directives => {
            'default_charset'            => 'UTF-8',
            'mbstring.language'          => 'neutral',
            'mbstring.internal_encoding' => 'UTF-8',
            'date.timezone'              => 'UTC',
            'short_open_tag'             => 'Off',
            'session.save_path'          => '/tmp',
            'upload_max_filesize'        => '48M', # ここを追加
        }   
      },

VMを作成する前ならばこのまま

$ vagrant up

VMを作成した後に変更したい場合は

$ vagrant provision

で反映されるはずです。