・skope-rules
　　解釈可能なルールを学習するskope-rulesのアルゴリズム
　　pypiのバージョンは古くscikit-learn v1以降ではエラーが出るため、Githubからインストール
　　参照：Not compatible with sklearn v1
　　分類問題のみ対応、回帰問題には未対応

・RuleFit
　決定木を基に特徴量を作成し、線形モデルで回帰を行う
　　
・sklearn-gbmi
　Gradient BoostingのFriedmanとPopescuのH統計量を計算
　

評価

・tibfold
Tibshirani-Tibshirani methodを用いて、k-fold double-cross-validationのerrorを推定する方法
　ダブルクロスバリデーションを使わずに一重のCVで予測精度を正しく見積もれる

その他

・h5py
　訓練済みモデルの保存・読込に必要

可視化

・matplotlib

・seaborn
　 pythonで美しいグラフ描画 -seabornを使えばデータ分析と可視化が捗るその1

・dtreeplt
　graphviz不要の決定木可視化
　 [Python]Graphviz不要の決定木可視化ライブラリdtreepltをつくった

・dtreeviz
　sklearnの決定木可視化　sklearn標準よりもスタイリッシュ
　 Pythonの決定木をdtreevizでスマートに可視化する

・pydotplus
・graphviz

逆問題 - 探索

・deap
　遺伝的アルゴリズム
　順問題の予測式を機械学習で作り、逆問題を解く場合に有効
　　DEAP

・pyevolve
　遺伝的アルゴリズム

・Gpy
・Gpyopt
　　Pythonでベイズ最適化を行うパッケージ GPyOpt

・PHYSBO
　COMBO後継。 GPL　

・hyperopt
　SMBO

・itertools(標準ライブラリ)
・more-itertools
　document
　itertools、more-itertoolsの紹介
　itertoolsの拡張ライブラリ。
　使用例：sample(itertools.combinations, 2) : iteratorからのサンプル

科学計算

材料

✓MaterialApps
　物性科学シミュレーションのポータルサイト

✓deepmaterials
　主に有機系の網羅的オープンソフトのリンク集
　データベース、モデル、化学向けの画像処理や自然言語処理など

・mat2vec
　Unsupervised word embeddings capture latentknowledge from materials science literature

無機化学

・pymatgen
　材料科学全般
　　pymatgen

・soaplite
　SOAP記述子の生成
　　SINGROUP/SOAPLite

・dscribe
　soapliteの高級ライブラリ
　　SINGROUP/dscribe

・ase
　cifファイルの読み込み等
　　ASE

有機化学

・Rdkit
　有機化学を扱う基本のライブラリ
　SMILES形式やFingerprintへの変換
　✓sascorer
　　合成難易度の計算
　　RDKitで合成難易度を評価して化合物をスクリーニング

・PubChemPy
　アメリカ国立衛生研究所(NIH)が運用するPubChemのpythonライブラリ
　分子名から化合物情報（IUPAC名，分子式，分子量，xlogP，tPSA，SMILES）など入手可能

ユーザー登録不要
　PubChemPy

・ChemSpiPy
　王立化学会が運用するChemSpiderのpythonライブラリ
　分子名から化合物情報など入手可能

ユーザー登録必要
　ChemSpiPy

・deepchem
　グラフ畳み込みによる有機化合物の解析
　　deepchem

・chainer-chemistry (開発中止)
　グラフ畳み込みによる有機化合物の解析
　　化学、生物学分野のための深層学習ライブラリChainer Chemistry
　　github

・mordred
　記述子計算ライブラリ
　　分子記述子計算ソフトウェア mordred の開発
　　 github

・ChemPlot
　記述子計算ライブラリ
　　ChemPlotを使ったケミカルスペースの可視化
　　 github

生化学

・peptides
　ペプチドの特徴量化

・stLearn
　RNAの空間転写解析

科学計算

・PhiFlow
　　Tensoflowで微分可能なPhiFlowを使ってみた

機械学習プロジェクト管理(実験管理、パイプライン管理)

　　【MLOps入門】MLOps概要

・MLFlow
　　「いつか使いたい！」と思っていた人のためのMLflowまとめ

・Metaflow
　　Netflix開発のMLワークフローツール，Metaflowを試してみた【概要編】

因果推論

・lingam
　　LiNGAM入門。気軽に因果関係を推定する (統計的因果探索)

・EconML
　　因果推論で推定した効果を可視化してみたい

・dowhy
　　DoWhyによる統計的因果推論

音響解析

・openSMILE
　github
　openSMILEをPythonで使ってみた

・ketos
　ketosを使って音響解析。音響解析、機械学習用ライブラリ

ツール化（実行ファイル、GUI）

・pyinstaller
　実行ファイル（.exe）化：サイズ巨大、実行速度は遅い。作成は簡単
　scikit-learnやXGBoostをexe化するにはそれなりの工夫が必要。
　並列処理(joblib, multiprocessing)の利用にも注意が必要。

・Nuitka
　　PyInstaller より圧倒的に優れている Nuitka の使い方とハマったポイント

・py2exe
　実行ファイル（.exe）化：サイズやや大きい、実行速度は早い。作成は少し手間

・tkinter
　標準ライブラリ。凝ったことはできないが、入出力、ファイル選択、画像表示程度であれば十分対応可能
・PySimpleGUI
　シンプルな記法で見た目もよいGUIが作れる。
　バージョン4までLGPL License
バージョン5から有料
　　PythonのGUIライブラリ「PySimpleGUI」を触ってみた

・FreeSimpleGUI
　PSGの代替ライブラリ。LGPL License

・DearPyGui
　色々できるらしいが、見た目は普通。
　MIT License
　　DearPyGuiをはじめる10行

・PyQt6
　GPL License
・Kivy
　MIT(>=1.7.2) else LGPL
・wxPython
　wxWidgets license
・pip-licenses
　ツール化、配布する際には使用ライブラリのライセンス確認を。

その他　細かいところ

・xlrd
・xlwt
・xlutils
　エクセル関連

・Cookiecutter
　　これでもう悩まない！機械学習のためのフォルダ構成テンプレートを使おう。

・cloudpickle
　機械学習モデルの保存
　標準のpickleライブラリの拡張
　　Pythonのシリアライズモジュール pickle marshal dill cloudpickle を比較する

・Swifter
　Pandasのapplyメソッド高速化
　たった一文でPandasのapplyメソッドを高速化する

・chardet
　文字コードの判別。　エンコーディングの指定に悩むあなたに。
　ファイルの文字コードの自動判別

ライブラリ紹介サイト

　✓The most comprehensive Repository of Python Libraries for Data Science

　✓machine-learning-collection

　✓best-of-ml-python

ディープラーニング関連

古豪
・Theano(モントリオール大学)：開発終了
・Caffe(カリフォルニア大学バークレー校)　Caffe2に移行
・Chainer(PFN)　開発終了

その他
・Caffe2(Facebook, Nvidia)：PyTorchにマージ
・Sonnet（Tensorflow派生）：開発中止
・cntk(Microsoft)：開発中止
・PaddlePaddle(Baidu)：開発中止（？）
・NNabla(Sony)
・Edward

その他

　完成度は高くないが、機械学習手法を実装したpythonプログラム等

AdaptiveLasso(https://github.com/sammrai/mymodules/blob/master/reg/AdaptiveLasso.py)
AdaptiveLasso(https://github.com/AaronNHorvitz/AdaptiveLASSO/blob/master/adaptive_LASSO.py)

主要ライブラリ」

AutoML

前処理

ノイズ処理

欠損値補完

特徴量エンジニアリング

特徴量選択

学習手法

線形系

決定木系

ベイズ系

その他学習手法

時系列

クラスタリング

scikit-learn補完

XAI(説明可能AI)

評価

その他

可視化

逆問題 - 探索

科学計算

材料

無機化学

有機化学

生化学

科学計算

機械学習プロジェクト管理(実験管理、パイプライン管理)

因果推論

音響解析

関連手法

ツール化（実行ファイル、GUI）

その他 細かいところ

ライブラリ紹介サイト

ディープラーニング関連

その他

その他　細かいところ