※追記あり
概要
cocoapods を使うと .pbxproj の中身が XML みたいな内容に変化してて
git 管理できないよ〜 ＞_＜
という問題が発生
そのへんに触れてるページ
CocoaPodsがpbxprojをXMLに書き換えてしまう件
http://blog.koogawa.com/entry/2015/02/04/002402
pod update する度にpbxproj ファイルの形式が変わってしまう君へ
http://qiita.com/masaki925/items/878ab05824b772d72da9
その問題を回避するために、引用元に書いてるように
xcproj ってヤツを入れてたはずなんだけど
なんでか再インストールしても問題が解決しない
どうしよう
解決方法
$ pod update --no-repo-update --no-integrate
本家に書いてた
英文は読んでないけど --no-integrate を書けば防げるっぽい
このオプションは xcproj をインスコしてるかどうかは関係なし
また、一度XML化した後に --no-integrate を付与しても元に戻ったりはしない
とりあえず直ったんでこれ以上調べるつもりもなし(´･ω･`)
備考
日本語で --no-integrate に言及してるサイト
□ CocoaPods を使ってオープンソースのライブラリをプロジェクトで簡単に管理する
http://program.station.ez-net.jp/special/handbook/objective-c/cocoapods/install.asp
追記その１
--no-integrate するとそもそも workspace が作られないっぽい
そして自分の環境では、diff: /Manifest.lock: No such file or directory やら問題発生 ビルド不可
もうちょっと調べる必要がありそうです・・・(´･ω･`)
取り急ぎ
追記その２
cocoapods が 1.0.0 にバージョンアップしてたことで XML 化しなくなりました
（少し前にアップデートした時はエラーが出て pod 使えなかったんだよね(´･ω･`)）
俗に言う「なんだかわからんがとにかく直った」というやつですね
(´･ω･`)「なけるぜ」
1.0.0 になったことでプロジェクトファイルの構成が変わっていたので
もう手に負えないです
これ以上の調査はえろい人に任せます