結論としては気にしなくていいです。
何の話か
OpenWrtやその他のdistro（組み込み向けdistroが多い気がする）で採用されているopkgというパッケージマネージャがあります。opkg upgrade [パッケージ名]でパッケージの更新ができるのですが、その際に次のようなエラーメッセージが表示されることがあります。
root@openwrt001:/# opkg upgrade mackerel-agent
Upgrading mackerel-agent on root from 0.55.0-18 to 0.55.0-19...
Downloading https://hnw.github.io/openwrt-packages/17.01/mips_24kc/mackerel-agent_0.55.0-19_mips_24kc.ipk
Configuring mackerel-agent.
Collected errors:
* resolve_conffiles: Existing conffile /etc/config/mackerel-agent is different from the conffile in the new package. The new conffile will be placed at /etc/config/mackerel-agent-opkg.
エラー内容としては書いてある通りで、パッケージから展開しようとした設定ファイルが既に存在していて、かつパッケージ内のオリジナルとMD5値が異なっているのでオリジナルを別名で保存しておいたよ、というものです。
このエラーが出た場合、新旧の設定ファイルを念のため比較してみるのが良いと思いますが、大抵の場合は何もする必要が無いと思います。
もしかすると明示的にファイルを変更していない場合にこのエラーが出ることがあるかもしれません。OpenWrtの場合はUCIの設定の実体が /etc/config 以下に保存されるので、LuCI経由などで設定値を変更していた場合にもこのエラーが出ることがありそうです。
挙動を確認する
上記エラーを出しているのはopkgコマンドです。opkgのソースコードのミラーがGitHub上にあるので、これを眺めてみましょう。
上記部分を読む限り、設定ファイルがオリジナルから書き換わっている場合は必ず出るエラーのようです。書きかえる前提で配布されている設定ファイルでもこのようなエラーが出るとしたら混乱の元のような気がしますね。