デプロイする環境ごとにビルドモジュールの接続先を分けたくて「Configuration Transform」をインストール。

こちらの拡張機能の使い方は割愛するが、以下のように設定ファイルを複数持つことができた。

ClickOnceを発行しようとしたら謎のエラー！！！

obj\Debug\SMaCApp.exe.config;obj\Debug\SMaCApp.exe.config" は、"GenerateApplicationManifest" タスクの "ConfigFile" パラメーターには無効な値です。複数の項目を、型 "Microsoft.Build.Framework.ITaskItem" のパラメーターに渡すことはできません。

私には何を言っているのか全くわからないが、ClickOnceを発行するプロジェクトのプロジェクトファイル(.csproj)を以下のように修正すると解消された。
修正前
<AppConfigWithTargetPath Remove="App.config" />

修正後
<AppConfigWithTargetPath Remove="@(AppConfigWithTargetPath)" />

これがどういうことなのか私にはわからないが、とりあえずうまく行ってよかった。

参考URL