GitHub Desktop を久しぶりに触ったら使いやすくなっていたので、新しい記事にまとめ直してみました。
↓こちらのほうが新しい記事になります。
Unityプロジェクトのバージョン管理にはGitHub Desktopを使おう

Unity プロジェクトを GitHub を介して、複数PCで作業できるようにしていきます。

GitHub Desktop で簡単に操作できます。

私の環境

種類	バージョン
OS X El Capitan	バージョン 10.11.5
Unity	Version 5.3.5f1 Personal
GitHub Desktop	2016/06/29時点の最新版

GitHub でリポジトリ作成

ここでは「test_repo」という名前で作成しました。
GitHub からローカルPCへリポジトリを Clone する

GitHub Desktop を使って、GitHub から Clone します。
ローカルPCの場所はどこでも構いません。
Unity プロジェクトの作成

Clone したフォルダの中に Unity プロジェクトを作成します。
ここではプロジェクト名を「test_unity_project」にしました。
こんな感じになっています。

Unity プロジェクトの設定

メニュー「Edit」→「Project Settings」→「Editor」
Inspectorビューの Editor Settings を設定する
Version Control の Mode を Visible Meta Files に変更する
Asset Serialization の Mode を Force Text に変更する

Unity を保存して終了する

.gitignoreファイルの作成

.gitignoreファイルを Unity プロジェクトのフォルダ内に作成します。

.gitignore

/[Ll]ibrary/
/[Tt]emp/
/[Oo]bj/
/[Bb]uild/
/[Bb]uilds/
/Assets/AssetStoreTools*

# Autogenerated VS/MD solution and project files
ExportedObj/
*.csproj
*.unityproj
*.sln
*.suo
*.tmp
*.user
*.userprefs
*.pidb
*.booproj
*.svd


# Unity3D generated meta files
*.pidb.meta

# Unity3D Generated File On Crash Reports
sysinfo.txt

# Builds
*.apk
*.unitypackage

# Visual Studio
.vs
Release/
Debug/

このように .gitignoreファイルを Unity プロジェクトのフォルダ内に置きます。

GitHub Desktop でコミットする

作成した Unity プロジェクトをコミットします。
GitHub にコミットを反映する

GitHub Desktop の Sync を実行します。
GitHub のリポジトリを見ると、Unity プロジェクトが反映されています。
ブランチを作成する

ローカルPCで編集するための、作業用ブランチを作成します。
ここでは、ブランチ名を「test_branch」にしました。
ブランチで Unity プロジェクトを編集する

ブランチで Unity プロジェクトを編集してコミットします。
GitHub に Publish する

ローカルPCのコミットを GitHub に反映するために Publish します。
master に Pull Request する

ブランチの変更を master に反映するために Pull Request します。
ブランチの変更を master に反映する

GitHub に Pull Request が届いているので、
「Merge pull request」をクリックして master にマージします。

「Confirm merge」をクリックしてマージを確定します。

ブランチの変更が master に反映されたので、「Delete branch」をクリックしてブランチを削除します。

以上になります。
あとは、9〜12を繰り返して開発を進めていきます。

別のPCで作業するときは、最初に、2のCloneと、8のブランチ作成をします。