Mac用のターミナルアプリ「iTerm2」は使い勝手がよく愛用しているのですが、最近はキー入力をはじめると同時にレインボーカーソルになり、しばらくフリーズしてしまう現象が頻発していて困っていました。
再現性に乏しいこともあり、どうにかならないものかと思っていたところ、最近になってiTerm2のIssueにも登録され、その原因と回避策が載っていました。
George Nachman @gnachman
Looks like some other program is using accessibility APIs to examine iTerm2's contents. This is very slow, unfortunately, especially with a big scrollback buffer. I recommend using the latest beta or reducing the size of your scrollback history.
とのことで、最新βを使うか、スクロールのヒストリサイズを減らすと回避できるかも、という開発者からのコメントが付いていました。
自分の設定（［Profile］→［Terminal］）も確かにUnlimited scrollbackにチェックを入れた状態になっていたので、このチェックを外して50,000行程度に減らしてみたら（それでも十分に多いですが）、ものの見事に問題が発生しなくなりました。
個人差はあると思いますので、同様の問題で困っている方がいましたら、参考にしてみてください。