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Gitで変更していないはずのファイルが変更とみなされる

EclipseでGitを使っていたら変更していないはずのファイルに>が付いていて、変更したファイルと見なされていました。
リセットしても変わらず、削除→HEAD改訂に戻すなどしても変わらず、ブランチの移動も「コミットしてないのありますよ」と言われてできない・・。

Git Bashでgit diffした場合に

old mode 100755
new mode 100644

などとなっていてファイル内容の変更がない場合は、git config core.filemode falseとするとこの変更が無視され、以後変更と見なされないようです。

こちらを参考にさせていただきました。

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