EclipseでGitを使っていたら変更していないはずのファイルに>が付いていて、変更したファイルと見なされていました。
リセットしても変わらず、削除→HEAD改訂に戻すなどしても変わらず、ブランチの移動も「コミットしてないのありますよ」と言われてできない・・。
Git Bashでgit diffした場合に
old mode 100755
new mode 100644
などとなっていてファイル内容の変更がない場合は、git config core.filemode falseとするとこの変更が無視され、以後変更と見なされないようです。
※こちらを参考にさせていただきました。