docker image

$ docker pull ubuntu:18.04

コンテナの起動

8080と8787のポートを解放しておく。Rstudio-serverを使用する際、8787を使用する。
$ docker run -it -d -p 8080:8080 -p 8787:8787 ubuntu:18.04

コンテナ内に入り、aptをアップデートし、curlおよびRのインストール。r-recommendedはCRANにある有用なRパッケージに依存するメタパッケージである。

container

$ apt update
$ apt install curl
$ apt install r-recommended

Rstudio-serverをインストールするために以下のコマンドを実行していく。

container

$ apt install gdebi-core
$ curl -O https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.2.5019-amd64.deb
$ gdebi rstudio-server-1.2.5019-amd64.deb

Rstudioがインストールが終わった後はユーザー登録が必要。
パスワード以外は空白で問題ない。

container

$ adduser rstudio
Adding user `rstudio' ...
Adding new group `rstudio' (1001) ...
Adding new user `rstudio' (1001) with group `rstudio' ...
Creating home directory `/home/rstudio' ...
Copying files from `/etc/skel' ...
Enter new UNIX password: 
Retype new UNIX password: 
passwd: password updated successfully
Changing the user information for rstudio
Enter the new value, or press ENTER for the default
    Full Name []: 
    Room Number []: 
    Work Phone []: 
    Home Phone []: 
    Other []: 
Is the information correct? [Y/n]

ローカルマシンのブラウザから http://localhost:8787/ にログインすればRstudioに入れる

minicondaのインストール

$ curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

$ conda config --add channels defaults
$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels bioconda

FastQCとJAVAのインストール

/user/local/lib/配下にFastQCとjavaをインストールしてくる。
それぞれの実行ファイルのシンボリックリンクを/user/local/binに置く。

ln -s /user/local/lib/FastQC/ /user/local/bin

GATK HaplotypeCaller

Realignmentは
GATK HaplotypeCallerや
MuTect2を使用すれば
必要ないということで、
GATK3.6から非推奨項目に･･･。

アノテーションツール

SnpEff ･･･高性能なアノテーションツール。ヒト以外にも対応。

trimming

Trimmomatic は，Illumina 最新式のシーケンサーから得られたデータの解析に不向きなようです．Trimmomatic は 4 色式で得られたデータ用のトリミングツールなので，Novaseq や NextSeq など，最新の 2 色式で算出されたデータの解析には適していないそうです．

####fastp

#bioconda
conda install -c bioconda -y fastp

-i : ペアエンドのread1
-0 : ペアエンドread1の出力先
-I : ペアエンドのread2
-O : ペアエンドのread2の出力先
-h : レポートファイル（html)の出力先
-q, --qualified_quality_phred : 満たすべきクオリティスコア(phred)。15がデフォルト値。
-u, --unqualified_percent_limit : -qで設定した閾値を下回る塩基の許容割合。デフォルト値40。
-n : 塩基Nの数の許容数。これを越えると、そのリードは破棄される。
-3, --cut_tail : 3'末端から前方へ向かってウィンドウをスライドさせる。ウィンドウ内の平均がcut_mean_qualityよりも低くなるとその塩基をcutする。デフォルトでは無効になっている。
cut_right_window_size : デフォルト値は4。
cut_right_mean_quality : デフォルト値は20。
-w : thread数。
-A : アダプタートリミングの無効化。デフォルトではアダプタートリミングが有になっている。

fastqファイルの連結

cat [sample_f1.fastq.gz] [sample_f2.fastq.gz] [sample_f3.fastq.gz].... > [sample_f.fastq.gz]

参考にしたサイト

Rstudio-server
R による分析環境構築 (RStudio Server)
https://inamuu.com/docker-compose%E3%81%A7%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%86%E3%83%8A%E3%81%8C%E8%B5%B7%E5%8B%95%E3%81%97%E3%81%AA%E3%81%84/
https://amalog.hateblo.jp/entry/data-analysis-docker
amerief