arr = ["オレンジジュース", "トマト缶", "ナタデココ缶", "リンゴジュース", "バナナオレ"]
arr.which_elements_is_include("ジュース")
=> [0, 3]

なメソッドが欲しかった。

class Array
  def which_elements_is_include(value)
    self.map.with_index{|item, i| i if item.include?(value)}.compact
  end
end

追記その２

@jnchitoさんがとても便利なメソッドを作ってくださいました。ありがとうございます。

index_select(Array)-created_by_@jnchito

class Array
  def index_select(obj = nil)
    if obj.nil? && !block_given?
      self.each
    else
      proc = obj.nil? ? ->(i){ yield self[i] } : ->(i){ self[i] == obj }
      self.each_index.select(&proc)
    end
  end
end

動作確認用のテストも作ってくださいました。

単体テスト-created_by_@jnchito

require 'test/unit'
class TestIndexSelect < Test::Unit::TestCase
  def test_index_select
    arr1 = [100, 200, 100, 300, 100, 400]
    result1 = arr1.index_select(100)
    assert_equal [0, 2, 4], result1

    arr2 = ["ととろ", "まっくろくろすけ", "ととろ", "めいちゃん", "さつきちゃん", "ととろ"]
    result2 = arr2.index_select("ととろ")
    assert_equal [0, 2, 5], result2

    arr3 = ["オレンジジュース", "トマト缶", "ナタデココ缶", "リンゴジュース", "バナナオレ"]
    result3 = arr3.index_select {|v| v =~ /ジュース/}
    assert_equal [0, 3], result3

    # 両方渡した場合
    arr4 = [100, 200, 100, 300, 100, 400]
    result4 = arr4.index_select(100) {|v| v == 200}
    assert_equal [0, 2, 4], result4

    # どちらも渡さない場合
    arr5 = [100, 200, 100, 300, 100, 400]
    result5 = arr5.index_select
    assert result5.is_a?(Enumerator)
    assert_equal arr5, result5.to_a
  end
end

仕様

array.index_select(obj) -> Array | nil

追記

コメントで教えていただいた@pocariさんのRuby - find_allのindex版 - Qiitaのほうが柔軟で汎用的なので今後はこちらを使うことにします。
ありがとうございます。