そもそも移行アップデートできるの？

Cordovaで開発したAndroidアプリからJava等で開発したバージョンにアップデートできるかどうか、断言している情報は見つからなかったのですが、普通に可能です。

アップデート方法

アプリケーションIDと証明書を同一にして、アップデート公開するだけ。

SharedPreferencesに情報を保存しておくと、ネイティブアプリからも読み出すことができます。
（edelworksgithub/SharedPreferencesのようなCordovaプラグインで読み書き可能です）

もしネイティブアプリに移行する可能性があれば、LocalStorageだけではなくSharedPreferences等のネイティブから読み出せる領域にも情報を保存しておくことをオススメします。