下記を参考に解決しましたが、少し分かりにくかったため残しておきます。
http://stackoverflow.com/questions/32534178/submitting-app-with-xcode-7-error-itms-90533-missing-architecture-extension-b
１、メインAppのTARGETSの修正
Valid Architecturesをarm64にします。
２、メインAppとExtensionAppのinfo.plistの修正
下記のように追加します。
UIRequiredDeviceCapabilitiesをコピペすると、既に存在しますが～というメッセージが出てくるので「はい」を選んでください。
メインApp
ExtensionApp
2015/9/30追記
今回は下記のアプリをSubmitしたのですが無事リリースできました。
Safari上の広告をブロックする -Adバスター-
https://itunes.apple.com/jp/app/safari-shangno-guang-gaowoburokkusuru/id1042279527?mt=8
2015/10/9追記
有料ユーティリティ部門で1位になりました。
2015/11/25追記
2015/10/24に有料部門で1位になりました。