TL;DR

サーバ側 Windows の ssh ログインシェルを Git bash に変更し、フルパスの前に /mntを付けて clone する。

URLの具体例

git clone ssh://hidao@192.168.0.254/mnt/c/users/hidao/repo/app.git

検証環境

サーバOS: Windows10 Pro 64bit ver. 1903
Git: 2.18.0.windows.1
sshd: OpenSSH_7.7p1, OpenSSL 1.0.2o 27 Mar 2018（アプリと機能のオプション機能で追加したもの）

クライアントOS: Windows10 Home 64bit ver. 1903
Git: 2.19.0.windows.1
ssh: OpenSSH_7.7p1, OpenSSL 1.0.2p 14 Aug 2018（アプリと機能のオプション機能で追加したもの）

特殊な事情

Windows10 のアプリと機能からインストールできる sshd では、デフォルトシェルが cmd.exe です。

ただし、cmd では git clone ssh:// 時に UNIX 形式のパス指定ではリポジトリに到達できないため（原因不明）、ログインシェルを Git bash に変更する回避策を取ります。

また、Git bash はドライブを /mnt の下にマウントしているため、リモートから URL を指定する場合に /mnt の追加が必要になります。

ハマりポイント

ssh のログインシェルがデフォルトの cmd.exe では、一般的な URL 表記法ではリポジトリに到達できない。
ssh のログインシェルを Git bash に変更すると、Git bash をローカルで使っているときと異なり、フルパスの先頭に /mnt を追加する必要がある。

付録：ssh のログインシェルを Git bash に変更する PowerShell コマンド

下記コマンドを実行し、bash のパスを調べます。

入力

Get-Command bash | Format-Table -AutoSize -Wrap

出力

CommandType Name     Version        Source
----------- ----     -------        ------
Application bash.exe 10.0.18362.239 C:\WINDOWS\system32\bash.exe

次に、出力で得られた Source のパスを含むコマンドを管理者権限で下記要領にて実行します。

New-ItemProperty -Path "HKLM:\SOFTWARE\OpenSSH" -Name DefaultShell -Value "C:\WINDOWS\system32\bash.exe" -PropertyType String -Force

以下のような出力が得られれば、ログインシェルの変更に成功しています。

DefaultShell : C:\WINDOWS\system32\bash.exe
PSPath       : Microsoft.PowerShell.Core\Registry::HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\OpenSSH
PSParentPath : Microsoft.PowerShell.Core\Registry::HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE
PSChildName  : OpenSSH
PSDrive      : HKLM
PSProvider   : Microsoft.PowerShell.Core\Registry