2017/10/04：
現在進行形で未解決。

現象

ロングスクロールでレスポンシブな感じのWebサイトを制作・公開してるんですが、
依頼元から

「PCの Google Chrome だとヘッダのメニュークリックしてもスクロールしないんだけど」

とご報告頂きました。
まさかと思って動かしてみたところ、確かにヘッダメニューのリンクをクリックしても
ページ内のスクロール移動が動かない。
Chrome の Dev Tools で見てもエラー無し。

実装内容

アンカーリンク（メニュー）にハッシュ(#)付きのURLを書いて、リンクの on("Click") イベントで
スクロールアニメーション付きのページ内ジャンプを実装しています。

加えて、ページ最下部の「TOPに戻る」ボタンも。
こんな感じ。

sample.js

    $(".navtotop").on("click", function (e) {
       	e.preventDefault()
       	$("html, body").animate({
       	    scrollTop: 0
       	}, 500);
    });

これも全く動きません。

原因

調べてみたら、以下のページに行きつきました。

document.body.scrollTop always is 0
https://bugs.chromium.org/p/chromium/issues/detail?id=766938

どうやらどうスクロールしても document.body.scrollTop が 0 を返している模様。
この記事投稿時の最新バージョン (61.0.3163.100) でも改善していません。

対処 ※ 暫定

暫定的対処として、ページ内リンクのスクロールアニメーションを外しました。
こんな感じ。無念。

sample.js

    // Chrome ブラウザ判定
    var isChrome = /Chrome/.test(navigator.userAgent) && /Google Inc/.test(navigator.vendor);

    $(".navtotop").on("click", function (e) {
        // 暫定的な対処 - https://bugs.chromium.org/p/chromium/issues/detail?id=766938
        if(isChrome) {
            window.href = "#wrapper";
        } else {
            e.preventDefault()
            $("html, body").animate({
                scrollTop: 0
            }, 500);
        }
    });

Chrome ブラウザだけ、アニメーションしないようにしています。

早く治らないかなー。

参考