こちらを参考にした
http://stackoverflow.com/questions/33952089/slow-index-speed-of-elasticsearch

https://www.elastic.co/guide/en/elasticsearch/guide/current/heap-sizing.html
ここを参考にHEAPサイズ調整とswap無効にする

1.メモリ不足して、swapが大量に発生していないかの調査

$ free
total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:       2052380    1967252      85128          4      40220     250592
-/+ buffers/cache:    1676440     375940
Swap:      1048572     175832     872740

結構発生してる。

2.HEAPサイズを調整

ES_HEAP_SIZEを物理メモリの半分にする

3.swapを無効

http://kakakazuma.hatenablog.com/entry/2015/03/12/015504
こちらを参考に設定

vim /etc/sysconfig/elasticsearch
ES_HEAP_SIZE=1024m #物理メモリの半分 
MAX_LOCKED_MEMORY=unlimited

4.elasticesearchを再起動

公式ページのおすすめ手順でやる

# rebalance無効化、これでshardsの自動調整が止める
$ curl -XPUT 'http://localhost:9200/_cluster/settings' -d '{
    "transient" : {
        "cluster.routing.allocation.enable" : "none"
    }
}'

# elasticsearch再起動
$ sudo service elasticsearch restart

# rebalance有効化
$ curl -XPUT 'http://localhost:9200/_cluster/settings' -d '{
    "transient" : {
        "cluster.routing.allocation.enable" : "all"
    }
}'

# head pluginでshardsの調整できたことを確認

5.swapが無効になってることを確認(mlockallがtrueになってること)

http://localhost::9200/_nodes/process?pretty

"process": {
  "refresh_interval_in_millis": 1000,
  "id": 1232,
  "max_file_descriptors": 65535,
  "mlockall": true
}

作業中困ったこと

なぜかelasticsearch起動に失敗した

/var/log/elasticsearch/したのログを調査したが、特になし
システムからのエラーと疑って、/var/log/messagesを調査

Out of memory: Kill process 11560 (java) score 948 or sacrifice child
Killed process 11560 (java) total-vm:2949556kB, anon-rss:1929660kB, file-rss:13048kB

調べたら、elasticsearchが利用してるメモリが多くので、OOM Killerに殺させた。

物理メモリが2Gのマシンに、HEAPサイズを1.5Gに設定されたため、OOM Killerに殺させた
HEAPサイズを勧めの物理メモリの半分1Gにして、これで起動できた