系統解析 ("phylogenetic analysis") のためのGalaxyサーバを調べてみましょう。
以下の通り、Galaxyのウェブサイト (https://galaxyproject.org/use) にアクセスし、[All]タブをクリックします。Searchボックスでキーワード検索すると、5件ヒットします。
HyPhy HIV NGS Tools
HIV配列解析ツール。
HyPhy - Hypothesis Testing using Phylogeniesを用いた配列比較解析ツール
Langille Lab
PICRUStのサーバ。マーカー遺伝子（例えば、16S rRNA）と全ゲノムからメタゲノムの機能を予測する。
NGPhylogeny.fr
- ドキュメンテーション、動画あり
- 論文 Lemoine et al. Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W260-W265. "NGPhylogeny.fr: new generation phylogenetic services for non-specialists."
- ノンスペシャリストのための系統解析webサービス NGPhylogeny.fr - macでインフォマティクス
Osiris
- 動画 Osiris Multigene Analysis Demo
- 論文 Oakley TH et al. BMC Bioinformatics. 2014 "Osiris: accessible and reproducible phylogenetic and phylogenomic analyses within the Galaxy workflow management system."
PIA
Phylogenetics and gene interaction
PIA (Phylogenetically Informed Annotation)は、アライメントプログラムとしてBLASTを用い、RAxMLのread placement algorithmを用いて未知の配列を事前に計算された系統樹に入れる。
- マニュアル (pdf)
- 動画 Getting started with PIA
- 論文 Speiser DI et al. BMC Bioinformatics. 2014 "Using phylogenetically-informed annotation (PIA) to search for light-interacting genes in transcriptomes from non-model organisms."
