Galaxyプロジェクトの公開サーバー Galaxy Main は多くのニーズを満たすことができますが、全てに適しているわけではありません（理由は Choices を参照してください）。幸い、様々な研究機関がGalaxyサーバーを一般公開しています。一部のサーバーではログインが必要な場合があります。
一般公開されている公共Galaxyサーバー（Public Galaxy Servers）は次の３つに分類されています。
- 汎用ゲノム解析サーバー（General Purpose / Genomics server）は、一般的なゲノム解析を行う場合に使用できるサーバーです。幅広いツールを実装し、一部の生物や解析に特化したものではありません。
- ドメインサーバー（Domain specific server）は、特定の生物や解析に特化したサーバーです。
- ツール公開サーバー（Tool Publishing server）では、1つ以上のツールが公開されています。ドメインサーバーとツール公開サーバーの区別はあいまいです。一般に、ツール公開サーバーは特定の組織のツールを公開し、ドメインサーバーは他の組織のツール/データセットを含みます。