eslintでカレントディレクトリ配下のすべてのjsファイルまたはmjsファイルをチェックするには以下のように指定する。
eslint '**/*.{js,mjs}'
Windowsコマンドプロンプトなら、パスを二重引用符で囲む
eslint "**/*.{js,mjs}"
ディレクトリパスを指定するなら
eslint "./src/**/*.{js,mjs}"
あるいは
eslint ./ --ext .js,.mjs
eslint ディレクトリパス --ext .js,.mjs
参考
ESLintのglobパターンがマッチしない問題の対処
Eslint glob (**) is not considering all directories recursively