どんな場合でも使える方法ではないですが。

// これを
final String sqlBlock = "a.hoge=:hoge, a.moge=:moge, b.foo=IFNULL(a.foo, 'xxx')";
// このパーツに分解したい
// "a.hoge=:hoge"
// "a.moge=:moge"
// "b.foo=IFNULL(a.foo, 'xxx')"

単に sqlBlock.split(",") でやってしまうと "b.foo=IFNULL(a.foo," と " 'xxx')" に分割されてしまって悲しい。

正規表現の否定後読みを使って

sqlBlock.split("(?<!\([a-zA-Z.]+), ");

これでなんとかなりました。