結論

An error occurred (AccessDenied) when calling the ListObjects operation: Access Deniedが出てしまうとき…
インスタンス側のロールにもちゃんと権限を付与しましょうという話だった。

経緯

わい「EC2からS3にAWS CLIを使ってデータを送りたいな。先輩の話によるとVPCエンドポイントなるものを使うとできるらしい」

（「VPCエンドポイント EC2 S3」で検索）

わい「ふむふむ…要するにVPCのエンドポイントを作成して、ルートテーブルを設定してやれば動かせるって話か。」

（実際にやってみる）

わい「よっしゃ、じゃあ、aws s3 ls s3://[BACKET_NAME]/ を入力して確認しよう」

AWS「An error occurred (AccessDenied) when calling the ListObjects operation: Access Denied」

わい「なんでや」

インスタンスにAmazonS3FullAccessの権限を持ったロールをアタッチする必要がありました。
インスタンスがコマンドを実行するので、あたりまえとはいえ当たり前ではあるのですが、見落としがちになるので注意しましょう。