対処法
ユーザーディレクトリ配下に.gitのディレクトリが誤って生成されてしまっていたことが原因でした…

本来.gitディレクトリは各プロジェクトのディレクトリ配下に作成されているのですが、
誤ってユーザーディレクトリ配下に作成されてしまった結果、大量の差分ファイルが出てしまっていました。

Finder → ユーザーディレクトリを確認し、.gitのディレクトリを削除すれば解決します!
(隠しフォルダは shift ＋　command ＋.　で表示できます)