個人の見解のため、参考としてください。
会計システムの導入時（特にパッケージ導入時）の見解です。
会計パッケージで管理されているのは、仕訳です。
仕訳で保持しているのは、勘定科目と金額となります。
一方、請求書には、数量、単価などが記載される場合があります。
これはもちろんですが、会計パッケージ（仕訳の管理）では一般的に、物の数量は保持しません。
そのため、会計システムにて請求書を出力する際には、
数量をもらい、仕訳とマージする必要があります。
会計システムで請求書出したいといった要件が多々ありますが、
上記の理由により、基本はロジ側にて出力することを検討していただくのがよいと思われます。