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CWLとsingularity


singularityのバージョン

CWLの実行エンジンとして cwltool を使う場合に、--singularityというオプションを付け加えることで、dockerでなくsingularityを使ってくれます。計算機クラスター環境によっては、(セキュリティの関係で?)dockerを使えない場合があるそうで、そのような場合には、CWLで記載されたワークフローに一切の変更をせずに使えるので、とても便利ですね。

ただし、singularityのバージョンは、2.5以上でないとエラーが出てしまうようです。インストールされているsingularityのバージョンが2.4以下の場合には、下記のページを参考にバージョンアップを試みてください。

http://neuro.debian.net/pkgs/singularity-container.html


ちゃんと動いた

こちらの test-workflow.cwl を動かしてみました。

https://github.com/hacchy1983/CWL-workflows

singularityのバージョンを2.5.2にバージョンアップしたのちは、無事に動いてくれることを確認しました。

cwltool --singularity Workflows/test-workflow.cwl Jobs/small.ERR034597.test-workflow.yml