結論
let g:neomake_typescript_tsc_maker = {
        \ 'args': [
            \ '--project', getcwd(), '--noEmit'
        \ ],
        \ 'append_file': 0,
        \ 'errorformat':
            \ '%E%f %#(%l\,%c): error %m,' .
            \ '%E%f %#(%l\,%c): %m,' .
            \ '%Eerror %m,' .
            \ '%C%\s%\+%m'
        \ }
補足
'append_file': 0がないと
tsc --project /path/to/project --noEmit /path/to/fileというコマンドが渡されるのだが、tscは--projectオプションを渡すとfile pathを引数にとれないため'append_file': 0としてfile pathを渡さないようにする。