EC-CUBEバージョン 2.13.1 です。

/user_data へ出力されるファイルのパーミッションに問題あり。

666の実行権限なしで「PHP」ファイルが生成されていた。

★生成する箇所を編集

　↓　↓　↓

/data/class/helper/SC_Helper_FileManager.php

    public function sfWriteFile($filename, $value)
    {
        if (!is_dir(dirname($filename))) {
            SC_Utils_Ex::recursiveMkdir(dirname($filename), 0777);
        }
        $fp = fopen($filename,'w');
        if ($fp === false) {
            return false;
        }
        if (fwrite($fp, $value) === false) {
            return false;
        }
        chmod($filename, 0755); //★ココ
        return fclose($fp);;
    }

上記「★ココ」の行（パーミッションを変更処理）を追記
331 行目あたり。