ユニバーサルリンク(UniversalLinks)経由で起動した場合、呼ばれるメソッドがiOS13以降では違います。
iOS12までは
AppDelegate.swift
func application(application: UIApplication, continueUserActivity userActivity: NSUserActivity, restorationHandler: ([AnyObject]?) -> Void) -> Bool {}
iOS13以上は
SceneDelegate.swift
func scene(_ scene: UIScene, continue userActivity: NSUserActivity) {}
記載するファイルと関数名が違います。
Firebaseとか、UniversalLinksの機能を使用しているドキュメントは更新してほしいとこです。