環境

OS or ソフトウェア	version
macOS	Sierra
Eclipse	4.6(NEON)
(Eclipse plugin)Buildship Gradle Integration	2.0
Java SE	1.8.0_121_b13
glassfish	4.1.1
gradle	3.4.1
インストールについては割愛します。

手順

gradleプロジェクトを作る
Eclipseで、[新規]>[Gradle]>[Gradleプロジェクト]として、プロジェクトを新規作成する。
プロジェクトのプロパティを開いて、「プロジェクト・ファセット」を追加する。
「動的 WEB モジュール」を追加する。その時、プロジェクト・ファセットの画面右側の「ランタイム」を選んで「Glassfish4」を選択する。
build.gradleを以下のように修正する。

build.gradle

apply plugin: 'war'
apply plugin: 'java-library'

repositories {
    mavenCentral()
    jcenter()
}

dependencies {
    providedCompile 'org.projectlombok:lombok:1.16.4'
    compile 'com.fasterxml.jackson.core:jackson-databind:2.8.6'
    compile 'com.fasterxml.jackson.jaxrs:jackson-jaxrs-json-provider:2.8.6'
	providedCompile 'javax:javaee-web-api:7.0'
	providedCompile fileTree(dir: '/glassfish4/glassfish/modules', include: '*.jar')

    api 'org.apache.commons:commons-math3:3.6.1'
    implementation 'com.google.guava:guava:21.0'
    testImplementation 'junit:junit:4.12'
}

war {
    exclude 'WEB-INF/lib/**'
    exclude 'WEB-INF/classes/**'
}

プロジェクトを右クリックして、[Gradle]>[Gradleプロジェクトのリフレッシュ]を実施する。
この時、ライブラリのGlassfishのランタイムが消えてしまう謎の事象あり・・・。再度プロジェクト・ファイセットを開いて付け直す必要がある...なぜかは不明です（汗）
あとはソースファイルを書いて、サーバに追加して実行する。

link.griffin.study_gradle.jaxrs.ApplicationConfig.java

package link.griffin.study_gradle.jaxrs;

import javax.ws.rs.ApplicationPath;

import org.glassfish.jersey.server.ResourceConfig;

import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
import com.fasterxml.jackson.jaxrs.json.JacksonJaxbJsonProvider;

@ApplicationPath("stdy")
public class ApplicationConfig extends ResourceConfig {
	public ApplicationConfig(){
		//自作のresourceを登録
		this.packages(ApplicationConfig.class.getPackage().getName());
		this.packages("com.snail.waf21.rest")
		//Jacson用のクラスを登録
		.register((new JacksonJaxbJsonProvider(new ObjectMapper(),
				JacksonJaxbJsonProvider.DEFAULT_ANNOTATIONS)))
		//JSONP用のクラスを登録
		.register(org.glassfish.jersey.jackson.JacksonFeature.class);

	}
}

link.griffin.study_gradle.jaxrs.SampleResource.java

package link.griffin.study_gradle.jaxrs;

import javax.ws.rs.GET;
import javax.ws.rs.Path;
import javax.ws.rs.Produces;
import javax.ws.rs.core.MediaType;

import link.griffin.study_gradle.jaxrs_sdo.DataSdo;

@Path("rs")
public class SampleResource {

	@GET
	@Path("run")
	@Produces(MediaType.APPLICATION_JSON)
	public DataSdo run(){
		DataSdo data = new DataSdo();
		data.setName("hogehoge");
		data.setId(12345);
		return data;
	}
}

link.griffin.study_gradle.jaxrs_sdo.DataSdo.java

package link.griffin.study_gradle.jaxrs_sdo;

import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;

@lombok.Data
@XmlRootElement
public class DataSdo {
	private String name = "";
	private Integer id = 0;
}

このサンプルであれば、"http://localhost:8080/study_gradle/stdy/rs/run" でアクセスできる。